利用生物信息学方法预测survivin拮抗肽的性质和功能

窦长武；田复明；王晓娟；高乃康；武文元

关键词：生物信息学, 拮抗肽, 结构与功能预测

摘要：目的:利用生物信息学方法对survivin拮抗肽(SP-1～SP-8)进行理化性质的预测及相似性的比较,为拮抗肽的结构与功能研究提供预测和帮助.方法:应用ExPASy数据库分析短肽的Mr、等电点、疏水性等理化性质.利用Blastp和SCOP等数据库对survivin拮抗肽进行相似性比较.结果:经ExPASy数据库分析8条拮抗肽中有6条呈碱性,且大部分呈亲水性,半衰期由1.0～30.0h不等.Blastp分析表明有几种拮抗肽与RNA多聚酶,转录调控因子的活性中心部分序列相似.SCOP分析结果显示有几种拮抗肽与ras结合蛋白(RBD)和CAD结构域相似.结论:生物信息学对蛋白质结构功能的研究及基于结构的药物设计等方面提供了重要的线索.